健康奶牛的关键是有良好的免疫系统。正常运作的免疫系统应该能保护奶牛免受各种病原微生物的侵害。免疫系统利用一套复杂的机制来识别和中和病原体。我们已经确定了两种不同的免疫途径：先天免疫和适应性免疫。先天免疫的特点是对病原体的挑战作出早期和快速的反应，这种反应可以在几秒钟内发生，并作为抵御感染的第一道屏障。适应性免疫系统是一个延迟的反应，通常需要几天才能发挥功能。它对感染性病原体有更特异性的反应，是机体的第二道防线。

先天免疫系统通常会很快消除问题，甚至可能在动物没有疾病迹象的情况下。在更严重的情况下，动物的反应是炎症的发展，炎症是先天免疫的主要机制之一，起到防御感染的作用。

乳腺炎症，通常被称为乳房炎，是奶牛对病原体感染最常见的免疫挑战之一。评估乳腺炎风险的最佳指标之一是体细胞数（SCC）。散装牛奶中SCC值高，超过20万，表明存在亚临床乳房炎。98%的体细胞由白血球组成，也就是白细胞，这是奶牛免疫系统产生用来对抗感染的免疫细胞。牛乳中体细胞数增加通常与奶牛乳房炎有关。大多数奶牛免疫功能低下，尤其是在产犊期，而且由于密集的产奶量，乳房是免疫功能最差的器官。这就解释了为什么乳腺炎是奶牛最常见的感染。